Softwares para BIO5706
1. Em servidores, acesso através da WWW:
Serviços grandes, com bancos de dados e ferramentas de busca e
processamento de sequências de macromoléculas:
GenBank (Serviço
mantido pelo National Center for Biotechnology Information, NCBI,
entidade governamental dos E.U.A.), situado em Bethesda, MD.
ENA (European Nucleotide
Archive) do EMBL (European Molecular Biology Laboratory), situado
principalmente em Heidelberg, na Alemanha.
DDBJ (DNA Data Bank
of Japan), banco de dados
de sequências do Japão.
PDB (Protein Data
Bank), voltado para Biologia
estrutural de proteínas.
ExPaSy (Expert Protein
Analysis System), mantém o "SwissProt", banco de
dados de seqüências protéicas, localizado na Suíça.
UNIPROT
(UniProt Consortium que uniu TrEMBL, PIR e Swiss-Prot)
Serviços mais específicos, de Universidades e Institutos de
pesquisa:
CATH Protein Structure Classification
database (Serviço mantido pelo University College de
Londres). Relações evolutivas de domínios proteicos.
Flybase (Serviço
mantido pela Universidade de Indiana). Específico para Drosophila.
NNPREDICT
(Universidade da California, Campus de San Francisco, E.U.A.).
Prevê a estrutura secundária a partir de seqüências.
Biodados Server
(Laboratório de Biodados, Universidade Federal de Minas Gerais).
Vários serviços públicos e gratuitos online.
VAST
(Vector Alignment Search Tool). Pesquisa de estruturas
baseada nos vetores, independente da estrutura primária, ou seja de
sua seqüência de aminoácidos.
2. Para serem carregados em microcomputadores:
Página de softwares
de
filogenias, mantido por Joe Felsenstein, da Universidade de
Washington, E.U.A., com centenas de pacotes de filogenias e dezenas
de servidores da web. Tem a virtude de ser atualizado
constantemente.
Página de softwares
grátis, com ênfase em Biologia molecular e Biologia
estrutural, mantrida por Arthur Roberts, da Universidade do Novo
Mexico, E.U.A. (antigo)
3. Softwares que serão utilizados na disciplina BIO-5706:
Arlequin
Desenvolvido por Laurent Excoffier, voltado para análise de dados
genéticos de populações naturais. Carregamento gratuito. Para
Windows
Clustal desenvolvido por uma
grande equipe desde 1988. Para alinhamento múltiplo de sequências
macromoleculares. Carregamento gratuito ou webserver.
Cn3D
Desenvolvido por uma equipe do NCBI, E.U.A. Para representação
tridimensional da estrutura de macromoléculas. Carregamento
gratuito.
DnaSP (DNA Sequence Polymorphism),Por
Julio Rozas e Ricardo Rozas da Universidade de Barcelona. Pra
análises de seqüências no nível populacional. Carregamento
gratuito.
GARLI
(Genetic Algorithm for Rapid Likelihood Inference).
Desenvolvido por Derrick Zwickl, atualmente fazendo pós-doutorado no
National Evolutionary Synthesis Center em Durham, North Carolina.
Carregamento livre.
MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis). Programa desenvolvido
por Sudhir Kumar (Arizona Biodesign Institute), Koichiro Tamura
(Tokyo Metropolitan University) e Masatoshi Nei (Universidade da
Pensilvânia, E.U.A.). Carregamento gratuito.
MrBayes Programa para
inferência bayesiana de filogenias. desenvolvido por John Huesenbeck
e colaboradores. Carregamento gratuito.
PHYLIP
(PHILogeny Inference Package) Série de programas
desenvolvidos por Joe Felsenstein, da Universidade de Washington,
E.U.A.). Carregamento gratuito. Tem uma página do Facebook sobre o
pacote aqui.
PopGene.S2,
versão mais recente e ampliada do programa WinPop, desenvolvido por
Paulo Suano Nuin, atualmente na Universidade de Toronto, Canadá,
para simulações e ensino em Genética de Populações. Carregamento
gratuito. O autor não oferece as versões antigas do programa, mas
uma cópia local do programa Winpop versão 2.5 pode ser obtida aqui.
4. Repositório de links relacionados (não analisados, dê a sua
opinião!):
Computational
Biology
or Bioinformatics references
Biochemistry-related
sites
Lista
de software para Bioinformática da Wikipedia
Molecular
Biology Software
Molecular
Systematics WWW links
Foundations of Computational and Systems Biology. Uma série da
aulas muito interessantes.