Projeto 10
(Para 25/10/2017, )
1. Abra, com o auxílio do programa DNAsp, o arquivo exemplo
rp49#36.nex. Trata-se de amostras de sequências de um gene nuclear
(proteína ribossômica 49) de espécies de Drosophila (D.
subobscura, população "st", D. subobscura população
"34", um indivíduo de D. madeirensis como grupo externo
perto e um indivíduo de D. guanche como grupo externo
distante.)
2. Verifique o número mínimo de eventos de recombinação que
ocorreram com a população st e com a população 34 de D.
subobscura.
3. Verifique a diferenciação populacional entre as populações de D.
subobscura.
4. Verifique se houve seleção nas duas populações de D.
subobscura, com o teste de Fu e Li (artigo aqui).
5. Verifique se houve seleção nas duas populações de D.
subobscura, com o teste de Fu e Li, com o uso de um grupo
externo (D. madeirensis)
6. Com o auxílio do programa Arlequin, abra o programa exemplo
2popmic.arp (dentro de datafiles, microsat), dados de
microssatélites de duas populações do caramujo Bulinus truncatus.
7. Verifique se as duas populações estão em equilíbrio de
Hardy-Weinberg.
8. Verifique a diferenciação entre as populações com o teste exato
de diferenciação populacional.
Para entregar:
Faça uma avaliação crítca e comparativa dos dois programas
Software:
Arlequin Desenvolvido por
Laurent Excoffier, voltado para análise de dados genéticos de
populações naturais. Carregamento gratuito.
DnaSP (DNA Sequence Polymorphism),Por Julio Rozas
e Ricardo Rozas da Universidade de Barcelona. Pra análises de
seqüências no nível populacional. Carregamento gratuito.