Projeto 3

(para 26/08/2015)

Mude o usuário no notebook que você está usando e entre com a senha de administrador.

1. Instale o programa MB no computador. Explore as suas características.
(http://www.molbiosoft.de/index.htm)

Mude novamente o usuário e entre como usuário normal.

2. Analise, com o auxílio da ferramenta "dot plot", as sequências abaixo, e envie sua interpretação.

>seq1
aggatggaagtgcagttagggctgggaagggtctaccctcggccgccgtccaagacctac
cgaggagctttccagaatctgttccagagcgtccgcgaagtgatccagaacccgggcccc
aggcacccagaggccgcgagcgcagcacctcccggcgccagtttgctgctgctgcagcag
cagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcaagagactagccccaggcag
cagcagcagcagcagggtgaggatggttctccccaagcccatcgtagaggccccacaggc
tacctggtcctggatgaggaacagcaaccttcacagccgcagtcggccctggagtgccac
cccgagagaggttgcgtcccagagcctggagccgccgtggccgccagcaaggggctgccg
cagcagctgccagcacctccggacgaggatgactcagctgccccatccacgttgtccctg
ctgggccccactttccccgg

>seq2
caccctgaggccacgagcgcagcacctcccggtgcccgtttgcagcagcagcaccagcac
cagcagcagcaccagcaccaggaaaccagtcctcggcggcagcagcagcagcagcctgag
gatggctctgactcctcaagaccagagcagaggctccacaggctacctggccctggacga
cagcagccttcacaacaccagtcagcgcccaagggccatccagagagtggctgcgttcca
gagcctggagctgcttcagccaccggcaaggggctgcagcagcagcagccagcaccaccg
gacgaggatgactcagctgccccatccacgttgctgggccccactttcccgggcttaagt
agctgttctaccgatcttaaagacatcctgagcgaggccggcaccatgcaactcttagta
cttcagcggcagcggcagcggcagcagcaacgacagcagcagcagcagcagcagcagcag
cagcagcagcagcagcagca

3. Utilize a ferramenta web "Dotlet" para o mesmo propósito.
(http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/dotlet)

4. Utilize a ferramente Blast2sequences para o alinhamento entre essas sequências.
(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&PROG_DEF=blastn&BLAST_PROG_DEF=megaBlast&BLAST_SPEC=blast2seq)

5. Destaque os pontos positivos e negativos dessas ferramentas.

6. Use a ferramenta MEGABLAST do site do NCBI para descobrir de onde vieram essas sequências.

7. Atividades bônus:

Experimente o programa Gepard ("GEnome PAir - Rapid Dotter"), feito pelo Prof. Fabian Theis, do Helmholtz Zentrum München
Deutsches Forschungszentrum für Gesundheit und Umwelt (GmbH) Institute of Computational Biology.

Experimente o programa Chromatic Dot Plot, feito pelo Dr. David Rosenkranz, do Institute of Anthropology, Johannes Gutenberg University em Mainz.