Projeto 5

(para 18/09/2013)

Verificar se o programa Cn3D está instalado, caso contrário instále-o a partir do site de carregamento do NCBI

1. Acesse o site do NCBI.
2. Dentro do Menu "pop up" cuja opção inicial é "All Databases" , selecione "Structure".
3. Digite (em inglês) o nome de uma proteína de seu interesse e pressionar o botão "Search". Sugestões: Lysozyme, RNAse, Haemoglobin,
4. Se aparecerem registros, selecione um deles clicando no link correspondente.
5. Obtenha a estrutura em formato cn3 (formato binário), clicando em "View in Cn3D". O arquivo abrirá no programa Cn3D. Explore a molécula.
6. Anote o código PDB (4 caracteres alfanuméricos).
7. Obtenha no PDB o arquivo no formato PDB da molécula correspondente.
8. Explore o arquivo PDB (que é um arquivo texto), localizando as informações da sequências e posições dos átomos.
9. Procure, com o auxilio do VAST, estruturas semelhantes. (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/VAST/vast.shtml)
10. Selecione algumas estruturas para ver o alinhamento que foi produzido com o VAST com auxílio do programa Cn3D.