(para 20/09/2017, entrega até
27/09/2017)
Verificar se o programa Cn3D está instalado, caso contrário
instale-o a partir do site
de carregamento do NCBI
1. Acesse o site do NCBI.
2. Dentro do Menu "pop up" cuja opção inicial é "All Databases" ,
selecione "Structure".
3. Digite (em inglês) o nome de uma proteína de seu interesse e
pressionar o botão "Search". Sugestões: Lysozyme, RNAse,
Haemoglobin,
4. Se aparecerem registros, selecione um deles clicando no link
correspondente.
5. Obtenha a estrutura em formato cn3 (formato binário), clicando
em "View in Cn3D". O arquivo abrirá no programa Cn3D. Explore a
molécula.
6. Anote o código PDB (4 caracteres alfanuméricos).
7. Obtenha no PDB
o arquivo no formato PDB da molécula correspondente.
8. Explore o arquivo PDB (que é um arquivo texto), localizando as
informações da sequências e posições dos átomos.
9. Leia sobre o software VAST (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/VAST/vast.shtml)
10. Procure, com o auxilio da opção "pre computed results" do VAST,
estruturas semelhantes, usando a pesquisa pelo código PDB na caixa
de entrada "Show Similar Structures for: "
Dica importante: Os resultados mais interessantes para essa atividade são
aqueles onde as sequêencias forem menos similares.
11. Selecione algumas estruturas para ver o alinhamento que foi
produzido com o VAST com auxílio do programa Cn3D.
Para entregar:
Faça uma apreciação sobre a sua experiência com essa atividade,
ressaltando os aspectos que lhe trouxeram mais novidades. Entre em
detalhes (moléculas, arquivos, etc.) sobre essa atividade
somente se forem necessários para a sua apreciação.