Filogenias por máxima parcimônia.
1. Carregar o arquivo de sequências já alinhadas de
RNA e de ND2 de genomas mitocondriais de mamíferos abaixo.
2. Escolher algumas sequências (máximo de 15).
3. Utilizando o programa MEGA, procurar a árvore de
máxima parcimônia com o algoritmo exato de busca
"Max-min branch & bound". Gravar a árvore obtida.
Guardar o número total de passos. Registrar o tempo utilizado.
4. Repetir a análise, com as mesmas sequências,
utilizando um método heurístico, mudando os
parâmetros da busca. Anotar os parâmetros empregados.
5. Repetir a análise, com todas as sequências,
utilizando um método heurístico.
6. Responder:
a) Houve diferenças entre o método exato e o método heurístico na escolha da topologia e no número de passos?
b) Foi necessário mudar os parâmetros da análise heurística para chegar na árvore mais parcimoniosa obtida pelo método exato com as sequências escolhidas no ítem 2?
c) Estime o tempo necessário para obter a filogenia de máxima parcimônia com o método exato por extrapolação do tempo utilizado na análise com menos seqüências. Dica: assuma o tempo como proporcional ao número de árvores possíveis.
As sequências concatenadas estão aqui.