1. Carregue o arquivo de sequências, já alinhadas,
de RNA e de ND2 de genomas mitocondriais abaixo, que já
estão em formato MEGA.
2. Verifique, para cada um dos arquivos, os sítios
invariáveis, os variáveis e os informativos para
parcimônia.
3. Descubra o significado das opções "pairwise
deletion" e "complete deletion".
4. Calcule a matriz de distâncias para alguns modelos (P.
ex. distância P, JC69, K2P, etc.), com a
opção "complete deletion".
5. Observando as matrizes obtidas, responda as seguintes
questões:
a) Como estão distribuidos os
sítios invariáveis nos dois trechos?
b) Como os modelos modificam a
proporção de diferenças nos dois casos?
c) Qual seria o melhor modelo para cada um dos
casos?
6. Utilizando as distâncias mais apropriadas, segundo o que
você aprendeu na teoria, reconstrua a filogenia
separadamente dos dois trechos da molécula, empregando o
método UPGMA.
7. Repita o procedimento 6 com o método de
Neighbor-joining.
8. Repita os procedimentos 3 a 6 com as duas sequências
justapostas tal como se fosse uma única.
9. Compare os resultados.
As sequências concatenadas estão aqui.
Arquivos das sequências separadas:
ND2
rRNA 16S, tRNA
(val), rRNA 12S