Projeto 7

(para 30/09/2015)

Filogenias a partir de distâncias.

1. Carregue o arquivo de sequências, já alinhadas, de RNA e de ND2 de genomas mitocondriais abaixo, que já estão em formato MEGA.
2. Verifique, para cada um dos arquivos, os sítios invariáveis, os variáveis e os informativos para parcimônia.
3. Descubra o significado das opções "pairwise deletion" e "complete deletion".
4. Calcule a matriz de distâncias para alguns modelos (P. ex. distância P, JC69, K2P, etc.), com a opção "complete deletion".
5. Observando as matrizes obtidas, responda as seguintes questões:
    a) Como estão distribuidos os sítios invariáveis nos dois trechos?
    b) Como os modelos modificam a proporção de diferenças nos dois casos?
    c) Qual seria o melhor modelo para cada um dos casos?
6. Utilizando as distâncias mais apropriadas, segundo o que você aprendeu na teoria, reconstrua a filogenia separadamente dos dois trechos da molécula, empregando o método UPGMA.
7. Repita o procedimento 6 com o método de Neighbor-joining.
8. Repita os procedimentos 3 a 6 com as duas sequências justapostas tal como se fosse uma única.
9. Compare os resultados.

As sequências concatenadas estão aqui.
Arquivos das sequências separadas:

ND2

rRNA 16S, tRNA (val), rRNA 12S

Opcional

1. Carregue o conjunto de programas do pacote PHYLIP (aqui).
2. Transforme os arquivos de sequências concatenadas em formato MEGA para o formato "phylip"
3. Construa matrizes de distâncias das sequências concatenadas com distâncias P e JC69 com o programa dnadist.
4. Use o programa "neighbor" para calcular as árvores UPGMA e de Neighbor Joining.
5. Usar o programa "drawtree" para obter as figuras de árvores nos 4 casos (P-UPGMA, P-Neighbor, JC69-UPGMA e JC-Neighbor).
6. Localize as principais diferenças e tente explicá-las.