Projeto 8
(dia 23/10/2013)
O projeto será a exploração do programa
jMODELTEST2, uma versão bastante ampliada do programa
MODELTEST implementada em Java que não mais é
necessariamente atrelada ao PAUP* e o emprego do programa Garli, com
máxima verossimilhança.
O programa pode ser obtido aqui, no próprio site do programa
aqui.
Caso a rede esteja com problemas para a conexão acima o
programa pode ser obtido de uma cópia local aqui.
Utilize o programa com um dos arquivos exemplo fornecido junto e
depois com o mesmo conjunto de dados que você usou para fazer
o projeto 6. Alternativamente, se você já tiver o
arquivo com as sequências alinhadas do seu projeto,
utilize-as.
Um arquivo com as sequências corretas de ND1 de mamíferos está
aqui
Baixe e instale o programa Garli a partir desse site.
Utilize-o para analisar o seu conjunto de dados através de
máxima verossimilhança com o modelo obtido com o
jMODELTEST.