Projeto 8

(dia 11/10/2017, para entrega até dia 18/10/2017)

O projeto será a exploração do programa jMODELTEST2, uma versão bastante ampliada do programa MODELTEST implementada em Java que não mais é necessariamente atrelada ao PAUP* e o emprego do programa Garli, com máxima verossimilhança.

O programa jMODELTEST pode ser obtido aqui, em um repositório Google (Google drive).

Caso a rede esteja com problemas para a conexão acima o programa pode ser obtido de uma cópia local de uma versão anterior mas testada aqui.

Utilize o programa com um dos arquivos exemplo fornecido junto e depois com o mesmo conjunto de dados que você usou para fazer o projeto 6. Alternativamente, se você já tiver o arquivo com as sequências alinhadas do seu projeto, utilize-as.

Leia o manual do programa ANTES de utilizá-lo. Procure auxílio de colega ou do professor somente no caso de haver dificuldades. Lembre-se que essa é uma parte importante do seu treinamento no sentido de torná-lo mais independente.

Um arquivo com as sequências corretas de ND1 de mamíferos está aqui.
Baixe e instale o programa Garli a partir desse site (um repositório Google próprio para programas). Leia o manual fornecido, pelo menos a parte de início rápido e use-o com dados exemplo. Utilize-o para analisar o seu conjunto de dados através de máxima verossimilhança com o modelo obtido com o jMODELTEST. Os parâmetros do modelo evolutivo podem ser estimados ou fornecidos para o programa Garli (por exemplo, a partir dos resultados do jMODELTEST). Use as duas posssibilidades.

As árvores filogenéticas geradas podem ser visualizadas com algum programa dedicado. O FigTree é um desses programas que pode ser obtido aqui.

Para entregar:

1) Esses programas não são tão amigáveis como aqueles que vem sendo usados até o momento. Comente sobre sua experiência em usar esse tipo de interface.
2) Esquematize o caminho usado pelo software usando as figuras da página 24 do manual (itens 7.3 e 7.4) até chegar ao modelo escolhido.
3) O programa Garli usa o princípio do algoritmo genético. Faça uma descrição breve do princípio que existe por trás desse tipo de algoritmo.
4) Comente sobre a sua experiência em usar o programa Garli.