Projeto 8
(dia 16/10/2019, para entrega até dia 23/10/2019)
Para realizar o seu projeto, você utilizará esse arquivo:
trecho1ali.fas
Ele contém um trecho do genoma mitocondrial de espécies de mamíferos
(como no projeto 4). As sequências
já estão alinhadas.
Você deverá escolher 15 dessas sequências de DNA para analisá-las
com programas de Máxima verossimilhança. Inclua a sequência do
Ornitorrinco, que é o grupo externo. Antes disso, você precisará
escolher o modelo que melhor representa a evolução dessas
sequências. Isso será feito com o auxílio do programa MEGA, já
instalado, com a opção "Model".
Encontrado o modelo com menor valor de BIC (Bayes information
criteria), utilize-o nas análises subsequentes. Utilize a busca por
ML no programa MEGA.
Grave o arquivo com as sequencias escolhidas no formato "fasta".
Utilize esse arquivo para buscar a árvore de ML com o programa
IQtree. Isso pode ser feito na plataforma online (http://iqtree.cibiv.univie.ac.at)
ou localmente, baixando o programa na versão linux em linha de
comando. Isso pode ser feito a partir do endereço:
http://www.iqtree.org/#download.
Preferencialmente utilize os dois métodos para poder praticar.
Envie as suas impressões sobre essa tarefa para o email
srmatiol@ib.usp.br