Projeto 9
(para 06/10/2013)
Instale o programa MrBayes e leia as suas instruções.
O programa pode ser obtido aqui. O manual
encontra-se aqui.
Os dois arquivos abaixo têm o mesmo conjunto de
sequências (trecho de DNA mitocondrial de 24 espécies
de mamíferos). Escolha cerca de metade dessas
sequências e use os programas MrBayes e MEGA para reconstruir
a filogenia com os métodos de distância com bootstrap,
máxima parcimônia (também com bootstrap, usando
métodos heurísticos) e de inferência bayesiana.
Anote os parâmetros utilizados nas análises onde isso
seja relevante (modelo usado na correção de
distâncias, modelo de substituição
nucleotídica, frequências nucleotídicas,
sítios invariáveis, distribuição de
taxas, etc.). Compare os resultados obtidos e responda:
1. Houve diferenças nas topologias obtidas?
2. Que fatores podem ser atribuídos para as diferenças
observadas?
3. Compare os valores de bootstrap dos nós "equivalentes"
obtidos nas análises de distâncias e de máxima
parcimônia. O que você pode dizer a respeito dessa
comparação?
4. Faça a reconstrução filogenética com
o método bayesiano com o programa MrBayes. Compare os valores
de bootstrap dos nós "equivalentes" das análises de
distâncias e de máxima parcimônia com os valores
de probabilidade "a posteriori" obtidos na análise Bayesiana.
O que você pode dizer a respeito dessa
comparação?
5. (opcional). Repita as análises com o programa Beast, que
pode ser obtido aqui.
Compare a análise (praticidade e clareza das
instruções) com aquela feita com o MrBayes.
mitman.nex
mitman.meg