Projeto 9
(para 21/10/2015)
Instale o programa MrBayes e leia as suas instruções. O programa
pode ser obtido aqui.
O manual encontra-se aqui.
Os dois arquivos abaixo têm o mesmo conjunto de sequências (trecho
de DNA mitocondrial de 38 espécies de mamíferos). Escolha
cerca de umas 12 dessas sequências e use os programas MrBayes e MEGA
para reconstruir a filogenia com os métodos de distância com
bootstrap, máxima parcimônia (também com bootstrap, usando métodos
heurísticos) e de inferência bayesiana. Se você tiver um pouco de paciência
e usar heurísticas rápidas, é possível usar todas as sequências.
Anote os parâmetros
utilizados nas análises onde isso seja relevante (modelo usado na
correção de distâncias, modelo de substituição nucleotídica,
frequências nucleotídicas, sítios invariáveis, distribuição de
taxas, etc.). Compare os resultados obtidos e responda:
1. Houve diferenças nas topologias obtidas?
2. Que fatores podem ser atribuídos para as diferenças observadas?
3. Compare os valores de bootstrap dos nós "equivalentes" obtidos
nas análises de distâncias e de máxima parcimônia. O que você pode
dizer a respeito dessa comparação?
4. Faça a reconstrução filogenética com o método bayesiano com o
programa MrBayes. Compare os valores de bootstrap dos nós
"equivalentes" das análises de distâncias e de máxima parcimônia com
os valores de probabilidade "a posteriori" obtidos na análise
Bayesiana. O que você pode dizer a respeito dessa comparação?
5. (opcional). Repita as análises com o programa Beast2, que pode ser
obtido aqui. Compare a
análise (e também a praticidade e clareza das instruções) com aquela
feita com o MrBayes.
Material
Arquivos com o mesmo alinhamento de um trecho da sequência do genoma
mitocondrial de alguns mamíferos, contendo as sequências dos genes
tRNA-Phe, rRNA 12S, tRNA-Val, rRNA 16S, tRNA-Leu e ND1.
trecho1_ali.fas
trecho1_ali.meg
trecho1_ali.nex
OBS: Os arquivos NÃO contém a extensão ".txt" no final do nome.
Programas de Windows tendem a adicionar automaticamente essa
extensão.