Projeto 9

(para 18/10/2017, entrega até 25/10/2017)



Instale o programa MrBayes e leia as suas instruções. O programa pode ser obtido aqui. O manual do programa encontra-se aqui. Teste o programa usando um conjuntos de dados fornecido, conforme o manual

Os três arquivos abaixo têm o mesmo conjunto de sequências (trecho de DNA mitocondrial de 38 espécies de mamíferos).  Escolha cerca de umas 12 dessas sequências e use os programas MrBayes e MEGA para reconstruir a filogenia com os métodos de distância com bootstrap, máxima parcimônia (também com bootstrap, usando métodos heurísticos) e de inferência bayesiana. Se você tiver um pouco de paciência e usar heurísticas rápidas, é possível usar todas as sequências. Anote os parâmetros utilizados nas análises onde isso seja relevante (modelo usado na correção de distâncias, modelo de substituição nucleotídica, frequências nucleotídicas, sítios invariáveis, distribuição de taxas, etc.).  Compare os resultados obtidos e responda:

1. Houve diferenças nas topologias obtidas? Caso haja diferenças, verifique se elas foram em ramos curtos ou longos.
2. Compare os valores de bootstrap dos nós "equivalentes" obtidos nas análises de distâncias e de máxima parcimônia. O que você pode dizer a respeito dessa comparação?
3. Faça a reconstrução filogenética com o método bayesiano com o programa MrBayes, usando como parâmetros o modelo GTR + gama (6 categorias). Compare os valores de bootstrap dos nós "equivalentes" das análises de distâncias e de máxima parcimônia com os valores de probabilidade "a posteriori" obtidos na análise Bayesiana. O que você pode dizer a respeito dessa comparação?
4. (opcional). Usando os dados de exemplo fornecidos com o programa MrBayes (primates.nex), faça o teste para relógio molecular rigoroso (item 4.5, página 57 do manual do MrBayes). Faça o teste com o mesmo conjunto de dados do trecho do genoma mitocondrial de mamíferos que você vem usando. 5. (opcional). Repita as análises com o programa Beast2, que pode ser obtido aqui. Compare a análise (e também a praticidade e clareza das instruções) com aquela feita com o MrBayes.

Material

Arquivos com o mesmo alinhamento de um trecho da sequência do genoma mitocondrial de alguns mamíferos, contendo as sequências dos genes tRNA-Phe, rRNA 12S, tRNA-Val, rRNA 16S, tRNA-Leu e ND1.
trecho1_ali.fas, formato "fasta".
trecho1_ali.meg, formato "MEGA".
trecho1_ali.nex, Formato "Nexus".

OBS: Os arquivos NÃO contém a extensão ".txt" no final do nome. Programas de Windows tendem a adicionar automaticamente essa extensão.