BIO-5706 Questionário 1
(para 12/08/2015)
Texto: Apweiler, R. Sequence databases. Cap. 1 In:
Baxevanis, A. D. e Oullette, B. F. F. (2007). Bioinformatics, a
practical guide to the analysis of genes and proteins. John Wiley
& Sons, Hoboken. pp 4-24
Questões
1. Coloque em ordem cronológica os termos abaixo, explique o
significado se for um acrônimo, colocando os anos de criação e
também se a entidade correspondente foi originada de outra ou se
originou alguma.
a)PIR+
b)DDBJ
c)Atlas of Protein Sequence and Structure
d)EMBL
e)GenBank
f)EBI
g)PIR
h)trEMBL
2. Explique os conceitos de bancos primários e secundários de
sequências macromoleculares. Forneça quatro exemplos de bancos de
dados secundários.
3. Qual são os parâmetros dos três grandes bancos de dados
primários de sequências macromoleculares (GenBank, DDBJ e EMBL)
que permitem verificar se a sequência é a mesma?
4. O que é armazenado no banco RefSeq e qual é a importância desse
tipo de dados?
5. Escreva uma legenda detalhada para a figura 1.3 explorando o
fluxo de informação e o conteúdos dos diferentes conjuntos de
dados.
6. Um estagiário do seu laboratório conseguiu obter
experimentalmente uma sequência de resíduos de aminoácidos sem que
tenha tido a necessidade de obter a sequência do gene
correspondente. Em quais bancos de dados essa sequência poderia
ser depositada?