Questionário 4


(para 11/9/2017)

Texto:  Barton, G. J. Creation and analysis of protein multiple sequence alignements. In: Baxevanis, A. D. e Oullette, B. F. F. (2007). Bioinformatics, a practical guide to the analysis of genes and proteins. John Wiley & Sons, Hoboken. 325-340.

1. Para se verificar o desempenho de um alinhamento, é necessário que haja um padrão, ou seja, uma forma de se constatar que os indels foram estimados corretamente. Como isso pode ser feito? Com base em qual padrão se verificou que alinhamentos múltiplos desempenham melhor que os alinhamentos feitos aos pares?

2. O que o autor sugere para se lidar com sequências de macromoléculas que não não são muito similares entre si?

3. O autor recomenda manter inicialmente no alinhamento as sequências cujas pontuações forem superiores ao valor de 6 desvios padrões (representados pela letra grega sigma) com relação aos alinhamentos feitos ao acaso. Explique resumidamente como o valor desse desvio padrão é calculado.

4. Explique o princípio do método hierárquico de alinhamento.

5. Quais são as alternativas ao método hierárquico de alinhamento?

6. Quais são as características do programa ClustalW que o tornam tão popular?

7. Como as informações sobre as estruturas secundárias e terciárias de proteínas podem ser utilizadas no alinhamento de suas sequências de aminoácidos?

Texto adicional: Rausch, T. e Reinert, K. (2011). Practical Multiple Sequence Alignment. In: Heath, L.S. e Ramakrishnan, N. Problem Solving Handbook in Computational Biology and Bioinformatics. pp. 21-43. Springer.