Questionário 5
(Para 16/09/2019)
Texto: Higgs, P. G. e Atwood, T. K. (2007). Patterns in
protein families. Cap. 9. Bioinformatics and molecular evolution.
Blackwell Publishing, Malden. 195-219.
1. Em uma analogia bastante solta, uma faceta da evolução
das proteínas é que ela parece com o brinquedo Lego®. Novas arquiteturas podem surgir a partir da combinação
de domínios ou módulos polipeptídicos, da mesma forma que
brinquedos diferentes podem ser construídos a partir de
combinações do mesmo conjunto de blocos Lego®. Explique, exemplificando, por quê a
presença de domínios múltiplos ou de módulos em proteínas podem
comprometer o estabelecimento de homologias entre sequências
polipeptídicas.
2. Em quais situações as matrizes PSSM podem desempenhar
melhor que as matrizes PAM ou BLOSUM?
3. Quais são os tamanhos adequados de motivos conservados
para a pesquisa de homologia em bancos de dados e por quê motivos
muito pequenos ou muito grandes causam problemas na caracterização
de homologias?
4. Descreva sucintamente a estratégia de construção de
bancos de dados contendo Blocos ("blocks").
5. Descreva sucintamente a estratégia de pesquisa de
homologia por perfis.
6. A maior parte dos domínios proteicos são muito antigos,
uma vez que encontram-se presentes em organismos muito
diversos. Como a pesquisa da estrutura de proteínas em suas unidades
mais fundamentais pode apoiar a busca pela caracterização do
L.U.C.A. (ancestral comum mais recente)? Na sua opinião, isso
poderia ajudar a indicar a natureza do primeiro ser vivo?