Questionário 6

(para 25/09/2017)

Felsenstein, J. (2004). A digression in History and Philosophy. Cap. 10. Inferring Phylogenies. Sinauer Associates, Inc. Sunderland. 123-146

1. Segundo o autor, os pesquisadores Luca Cavalli-Sforza e Anthony Edwards foram os primeiros a estudar, com um enfoque algorítmico, os métodos de distância, parcimônia e de máxima verossililhança. Sumarize essa história.

2. Explique as bases do método proposto por Camin e Sokal.

3. Segundo o autor, os trabalhos de Willi Hennig e de Walter Zimmerman não foram decisivos para o desenvolvimento dos métodos de inferência filogenética atuais. Em quais evidências ele se baseou para apresentar essa visão?

4. Você concorda com o autor a respeito da irrelevância dos métodos de classificação para a reconstrução de filogenias? Comente.

Miyaki, C. Y., Russo, C. A. M. e Pereira, S. L. Reconstrução filogenética. Introdução e o método de máxima parcimônia. In: Matioli, S. R. e Fernandes, F.M.C. (2012). Biologia molecular e evolução. Holos, editora, Ribeirão Preto. 113-122.

5. O que é a polaridade de um caráter? Exemplifique.

6. Represente todas as possíveis árvores bifurcantes com raíz com 4 grupos (ABCD) com parênteses (notação parentética) que sejam diferentes topologicamente entre si. Por exemplo, a árvore

pode ser representada como (A(B(CD))). Note que esta representação é idêntica topologicamente à representação (A(B(DC))) e (A((CD)B)). Você deverá conseguir escrever 15 árvores diferentes.

7. Como se pode lidar com o fato de que certas mudanças evolutivas no nível molecular são muito mais prováveis que outras, como, por exemplo entre transições e transversões ou entre os muitos tipos de substituição de resíduos de aminoácidos?