Questionário 7

(para 28/09/2015)

Texto: Russo, C. A. M.,  Miyaki, C. Y. e Pereira, S. L. Reconstrução filogenética. Métodos geométricos. In: Matioli, S. R. e Fernandes, F.M.C. (2012). Biologia molecular e evolução. Holos, editora, Ribeirão Preto. 123-132.

1. Qual é o objetivo de se empregar as correções de distância (por exemplo, Kimura 2 parâmetros, Tamura- Nei, etc.), ao invés de simplesmente calcular a proporção de nucleotídeos diferentes?

2. A correção de distância mais simples é aquela baseada no modelo de Jukes e Cantor (1969), onde as taxas de substituição são as mesmas para qualquer uma delas, enquanto o mais complexo é o GTR + I + gama. Explique o significado de "GTR", de "I"e de "gama". Quantos parâmetros independentes existem nesse modelo?

3. Desenhe as árvores correspondentes aos conjuntos "ultrametric" e "additive" desse artigo aqui, primeiro colocando as distâncias sob a forma de uma matriz e depois colocando as distâncias nos ramos, de tal forma que as distâncias da matriz entre os nós terminais sejam as mesmas que aquelas distâncias da tabela 1 do artigo (o desenho não precisa ser em escala exata).

Artigo clássico:

Wilson, A.C., Carlson S.S. e White T.J., (1977) Biochemical evolution. Annu. Rev. Biochem. 46:573-639.


Links interessantes da Dra. Adi Doron-Faigenboim:

Neighbour Joining Algorithm (Saitou and Nei)
Jukes and Cantor one parameter model
F81 (Felsenstein 1981) model