Questionário 4


(para 09/09/2013)

Texto:  Barton, G. J. Creation and analysis of protein multiple sequence alignements. In: Baxevanis, A. D. e Oullette, B. F. F. (2007). Bioinformatics, a practical guide to the analysis of genes and proteins. John Wiley & Sons, Hoboken. 325-340.

1. Com base em qual critério foi verificado que os alinhamentos múltiplos desempenham melhor que os alinhamentos feitos aos pares?

2. O autor afirma que " Automatic alignment programs such as ClustalW (Thompson et al., 1994) give good quality alignments for sequences that are significantly similar (...)". O que o autor sugere para se lidar com sequências de macromoléculas que não estão enquadradas nessa definição?

3. O autor recomenda manter inicialmente no alinhamento as sequências cujas pontuações forem superiores ao valor de 6 desvios padrões (representados pela letra grega sigma) com relação aos alinhamentos feitos ao acaso. Explique resumidamente como o valor do desvio padrão é calculado.

4. Explique o método hierárquico de alinhamento.

5. Quais são as alternativas ao método hierárquico de alinhamento?

6. Quais são as características do programa ClustalW que o tornam tão popular?

7. Como as informações sobre as estruturas secundárias e terciárias de proteínas podem ser utilizadas no alinhamento de suas sequências de aminoácidos?

8. Comente brevemente a utilidade dos programas ALSCRIPT, AMAS e JalView.

Texto adicional: Rausch, T. e Reinert, K. (2011). Practical Multiple Sequence Alignment. In: Heath, L.S. e Ramakrishnan, N. Problem Solving Handbook in Computational Biology and Bioinformatics. pp. 21-43. Springer.