Questionário 7
(para 07/10/2013)
Texto: Russo, C. A. M., Miyaki, C. Y. e Pereira, S. L.
Reconstrução filogenética. Métodos
geométricos. In: Matioli, S. R. e Fernandes, F.M.C. (2012).
Biologia molecular e evolução. Holos, editora,
Ribeirão Preto. 123-132.
1. Qual é o objetivo de se empregar as
correções de distância (por exemplo, Kimura 2
parâmetros, Tamura- Nei, etc.), ao invés de
simplesmente calcular a proporção de
nucleotídeos diferentes?
2. Por quê não devemos simplesmente calcular as
distâncias corrigidas com o método mais sofisticado
possível ao invés de analisarmos, em cada caso,
quais são as propriedades das sequências e o
padrão geral de evolução entre elas?
3. Baseado nos dados abaixo, de distâncias entre
sequências macromoleculares par a par, construa uma
árvore filogenética pelo método de UPGMA. Na
árvore, em cada ramo deverá constar a distância
entre os nós ou entre os nós e os pontos terminais.
|
A
|
B
|
C
|
D
|
E
|
| A |
0
|
0,06
|
0,14
|
0,14
|
0,14
|
B
|
|
0
|
0,14
|
0,14
|
0,14
|
C
|
|
|
0
|
0,08
|
0,08
|
D
|
|
|
|
0
|
0,04
|
E
|
|
|
|
|
0
|
4. Compare sucintamente os métodos NJ (Neighbor Joining) e ME
(Minimum Evolution), destacando suas diferenças e
semelhanças.
Artigo clássico:
Wilson, A.C.,
Carlson S.S. e White T.J., (1977) Biochemical
evolution. Annu. Rev. Biochem. 46:573-639.
Links interessantes da Dra. Adi Doron-Faigenboim:
Neighbour
Joining Algorithm (Saitou and Nei)
Jukes and Cantor
one parameter model
F81
(Felsenstein 1981) model