Roteiro para o projeto (versão 1.3)

O projeto consistirá em uma análise crítica de um artigo científico publicado, também baseada na reanálise dos dados usados nesse artigo. Esse roteiro foi escrito para facilitar esta tarefa, não é necessário que o mesmo seja seguido à risca. Pode haver questões que simplesmente não se aplicam ou questões que não foram previstas aqui e que merecem ser consideradas.

1. Escolha do artigo
O artigo deverá abordar uma análise filogenética baseada exclusivamente em dados de sequências nucleotídicas de um grupo de organismos relacionados em qualquer nível taxonômico acima do nível de espécie (p. ex. gênero, tribo, família, ordem, etc.). Ele deverá ter sido publicado em um periódico de bom nível (p. ex. Molecular Biology and Evolution, Molecular Phylogenetics and Evolution, Jounal of Molecular Evolution, Systematic Biology,  Cladistics, etc.). Não há qualquer restrição quanto à época da publicação, mas essa deverá ser levada em conta na sua análise pois pode ter havido mudanças na disponibilidade de métodos, programas ou recursos computacionais. Evitar análises filogenômicas, ou seja, onde muitas sequências diferentes de cada táxon tenham sido analisadas.
DICA IMPORTANTE: Como você deverá fazer uma reanálise dos dados, é fundamental que essa reanálise seja factível. Um número muito grande de sequências ou sequências muito grandes deverão ser evitados, pois podem exigir recursos computacionais elevados. Os artigos que relatam o emprego de softwares comerciais (PAUP, p. ex.) ou de difícil obtenção deverão levar em consideração esses fatos, pois, nesses casos, você fará a reanálise sempre com softwares livres e que estejam disponíveis atualmente.

2. Análise do resumo do artigo (Abstract, Summary ou assemelhado)
O resumo é auto-suficiente, ou seja , dá para ter uma idéia clara do problema, como ele foi abordado e quais foram os resultados mais significativos?
O resumo é muito curto, muito longo ou tem dimensões adequadas?
O resumo apresenta informações redundantes ou desnecessárias? Quais?
O resumo omite informações importantes? Quais?

3. Análise da Introdução
A introdução é acessível para um não especialista na área ou abusa de jargões, siglas ou outras caracterísicas que tornam o texto hermético ou com leitura não fluente?
Qual é a justificativa para o estudo? A análise filogenética proposta está inserida em um contexto biológico mais geral ou foi feita com a justificativa óbvia de que não havia sido feita anteriormente ou que há poucos estudos?
Se houver uma justificativa propriamente dita, qual é o contexto biológico mais amplo? (ex.: coevolução, biogeografia, paleogeografia, etc.)
Existem hipóteses filogenéticas anteriores? Caso positivo, ela(s) foi(ram) feita(s) baseada(s) também em dados de sequências nucleotídicas ou em algum outro tipo de dados?
Se existe mais que um estudo anterior, os autores apontaram discrepâncias entre eles?
Houve alguma justificativa para a escolha das sequências que foram estudadas? Qual?
Os métodos de análise foram mencionados na introdução? Foram feitas justificativas para a escolha deles?

4. Análise de material e métodos
O material foi obtido especialmente para o estudo em questão? Se positivo, há menção sobre normas éticas que foram respeitadas, ambientais ou de respeito a animais? Há menção de normas de outros países de onde foram obtidas amostras para o estudo?
A amostragem foi exaustiva (p. ex: todos os gêneros de uma família ou somente parte deles)?
Os critérios para escolha de grupo(s) externo(s) foram bem definidos?
No caso de obtenção de sequências originais, os métodos bioquímicos podem ser facilmente reproduzidos, ou há citação de métodos que não são obtidos facilmente, ou menções genéricas como "métodos padrão", ou ainda citações encadeadas ("A", que cita "B", que cita "C", etc.)?
Houve algum tipo de controle de qualidade nas sequências obtidas? Qual?
Se houve obtenção de sequências originais, elas foram depositadas em bancos de dados? Quais? Elas estão presentes em todos os grandes bancos (GenBank, EMBL, DDBJ)?
Você conseguiu recuperar facilmente as sequências, ou houve dificuldades? Houve alteração dos registros originais?
O método de alinhamento está bem descrito (apresenta citação, website, versão do programa)? O website está atualizado? Você consegue recuperar a versão anterior do programa que foi usada, se for o caso?
Usou-se somente alinhamento automático? Nesse caso, os parâmetros estão bem descritos? O alinhamento está depositado em algum banco de dados? O autor se oferece para disponibilizar o alinhamento por website/email? Caso positivo, você conseguiu recuperar o alinhamento?
Se o alinhamento usado estiver disponível, você consegue chegar até o mesmo, exatamente?
Se foi empregado algum tipo de alinhamento manual/visual, os critérios para resolver discrepâncias ou inconsistências foram explícitos?
O(s) método(s) para a análise filogenética estão bem descritos (programa, versão, citação, parâmetros usados, etc.)?

5. Análise dos resultados
Há análise exploratória dos dados (conteúdo GC,  análise de taxas evolutivas, etc.)?
Houve emprego de programas para as análises exploratórias?
Você conseguiu reproduzir exatamente o que foi obtido nessas análises?
Foram empregados mais que um método para a recuperação da(s) filogenia(s)?
Os diferentes métodos usados pelos autores, se for o caso, apresentaram discrepâncias?
Os métodos que você empregou apresentaram resultados congruentes com aqueles do artigo?

6. Análise da discussão
Há redundância com a informação apresentada na introdução?
Há informação que deveria estar localizada na Introdução?
Os autores destacaram as novidades?
Os autores confrontaram os seus achados com aqueles existentes na literatura?
As comparações foram feitas de forma geral ou restritas aos estudos com organismos do mesmo grupo taxonômico?
Há indicação de perspectivas para estudos futuros?

7. Comparação com as suas análises
Alguns resultados das análises que você empregou distoa muito daqueles apresentados pelos autores?
A quais fatores você atribui as discrepâncias, se houver?
Se o artigo já tiver sido publicado há algum tempo, antes da disponibilidade de algum método mais recente, haveria grandes modificações nos resultados ou nas respectivas conclusões?

8. Análise das referências bibliográficas
O número de referências bibliográficas é pequeno, adequado ou excessivo?
Há citações supérfluas, especialmente as auto-citações?

9. Análise geral
O artigo está escrito de forma clara?
O artigo é excessivamente curto ou longo?
Os autores conseguiram te convencer de que aquilo que foi executado o foi da melhor maneira possível?
Como você classifica a contribuição científica do artigo, dentro do contexto?