Introdução à Bioinformática
Atividade 10
Objetivos:
Analisar um alinhamento estrutural de proteínas homólogas e
apresentar o problema da resolução de estrutura tridimensional de
peptídeos a partir da sua estrutura primária (sequência de
monômeros).
Atividade:
Para a questão 1, você utilizará esse alinhamento 3D de sequências
de RNAses (arquivo "rnase.cn3").
Note que trata-se de um arquivo binário (não somente texto). Grave-o
com a opção "todos os arquivos".
1. Entre na página http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/CN3D/cn3dinstall.shtml em
seguida baixe e instale o CN3D de acordo com seu sistema
operacional. Trata-se de um programa que possibilita a visualização
de um alinhamento em 3D. Abra o arquivo de alinhamento. A partir do
alinhamento e baseado nas regiões de conservação, em qual região
você hipotetizaria ser a região do sítio catalítico? Justifique.
2. Entre na página https://fold.it/ ,
baixe e instale o programa na versão de seu sistema operacional.
Crie uma conta no programa e joge pelo menos 5 fases. Depois
responda sobre a sua experiência com esse programa com vistas à
aplicação do mesmo sobre o ensino desse assunto para estudantes
universitários e de outros níveis.
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