Introdução à Bioinformática
Atividade 11
Objetivos:
Mostrar uma situação de previsão de atracação molecular entre uma
proteína e um ligante
Atividade:
As simulações de atracação entre proteínas ou entre proteínas e
ligantes geralmente demandam um grande esforço computacional e isso
costuma tomar um tempo apreciável, mesmo com servidores bastante
poderosos. Por esse motivo, usaremos uma simulação já realizada no
servidor web Swissdock (http://swissdock.ch)
entre estreptavidina e biotina.
Uma das ligações mais fortes, não covalente, que se conhece
entre uma proteína e um ligante é entre a proteína estreptavidina e
a vitamina biotina (B7). Essa ligação forte, eficiente e rápida é
usada amplamente em vários protocolos de Biologia molecular tanto
para detecção de moléculas "marcadas" sinteticamente com
biotina acoplada, como para "pescaria" de moléculas também marcadas,
por exemplo, antígenos ou anticorpos.
Uma curiosidade: o termo "avidina" origina-se de uma proteína que
também liga-se fortemente (ou avidamente, daí o nome) à biotina,
presente na clara dos ovos de galinha. Ingestão de claras cruas de
ovos podem portanto levar à uma deficiência de vitamina B7.
Usamos a estrutura da estreptavidina obtida do banco de dados PDB (https://www.rcsb.org),
identificada como 3RY1 que pode ser obtida aqui:
https://www.rcsb.org/structure/3RY1
Note que a proteína é um tetrâmero.
O arquivo correspondente, da estrutura obtida experimentalmente por
difração de raios X, em formato PDB (que é um arquivo texto) Pode
ser visto aqui:
https://srmatioli.ib.usp.br/bio456/3RY1.pdb
O complexo estreptavidina-biotina também foi obtido
experimentalmente e encontra-se aqui, também no formato PDB:
https://srmatioli.ib.usp.br/bio456/3RY2.pdb
A sua tarefa consistirá em:
1. Visualizar, com um editor de textos qualquer, os três arquivos no
formato PDB tentando localizar as linhas que correspondem às
cooordenadas de cada um dos átomos. Não precisa enviar nada, somente
procure entender.
2. Comparar a estrutura do complexo com a estrutura prevista pelo
programa Swiss-docking e enviar as suas impressões, depois de
visualizar, com o programa Chimera, a estrutura da estreptavidina
sozinha, do complexo e da biotina (que pode ser obtida, em formato
PDB):
https://srmatioli.ib.usp.br/bio456/biotina.pdb
A submissão, para a plataforma Swiss-dock, foi feita de acordo com
os seguintes parâmetros mostrados nessa figura, dentro da opção
"Submit docking"): 
<
Fique à vontade para fazer uma submissão para prever, de acordo com
sua escolha, a ligação entre duas proteínas ou entre uma proteína e
um ligante, mas isso é totalmente opcional.
Página
para carregamento do programa Chimera da Universidade da
Califórnia em São Francisco (várias plataformas): http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.html
Instruções para a visualização dos resultados da simulação da
atracação:
https://swissdock.vital-it.ch/forum/viewtopic.php?f=5&t=29&sid=b75c7500918b82c1b917198df8929ad6
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