Introdução à Bioinformática
Atividade 6
Objetivos:
Realizar um alinhamento múltiplo
Atividade:
MAFFT (Multiple Alignment with Fast Fourier Transform, em inglês) é
um programa de alinhamento múltiplo de sequências. O programa MAFFT
implementa transformada rápida de Fourier para otimizar os
alinhamentos de proteínas com base nas propriedades físicas dos
aminoácidos. O programa usa o alinhamento progressivo e iterativo.
As sequências nucleotídicas e de aminoácidos no formato FASTA podem
ser alinhadas. MAFFT é útil para as sequências mais difíceis de se
alinhar com outros programas, tais como aquelas que contêm grandes
lacunas, (ex: rRNA que contêm as regiões variáveis de laços).
Nessa atividade, iremos executar o MAFFT avaliando, especificamente,
como penalidades altas e baixas de abertura de lacuna podem afetar o
alinhamento.
Opcional: você poderá examinar os ajustes de extensão de lacunas .
Utilize o arquivo seqs_exe6.fas e o "web service" http://mafft.cbrc.jp/alignment/server/index.html para
fazer a questão. Faça o alinhamento utilizado o MAFFT do arquivo
fasta fornecido, com parâmetros padrão. Em seguida faça dois novos
alinhamentos modificando o parâmetro de penalidade para abertura de
lacuna para 3 e depois para 1.
1. Comente sobre a sua experiência ao proceder com o alinhamento
múltiplo.
2. Quais foram os efeitos das mudanças de penalidades?
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