Introdução à Bioinformática
Atividade 7
Objetivos:
Usar o programa gratuito MEGA (de Molecular Evolutionary
Genetics Analysis) para inferir relações filogenéticas baseadas em
sequências nucleotídicas previamente alinhadas, com métodos
diferentes.
Atividade:
Instale o
programa Mega em seu computador (http://www.megasoftware.net),
fazendo o registro em seu nome com seu email. Esse programa pode
ser obtido nas plataformas Windows, Mac e Unix.
Carregue
o arquivo de sequências já alinhadas de RNA e de ND2 de genomas
mitocondriais de mamíferos. (trecho.meg). Caso esteja curioso
para saber quais são os mamíferos correspondentes, consulte: https://srmatioli.ib.usp.br/bio456/mamiferos.html
1.- Escolher
algumas sequências (mínimo de 12 e máximo de 15). Escolha segundo um critério próprio (não vale
mamiferos seguidos) e envie a lista de mamíferos escolhidos.
2.- Utilizando o
programa MEGA, procurar a árvore de máxima parcimônia com o
algoritmo exato de busca "Max-mini branch & bound". Grave e envie a
árvore obtida. Guarde e envie o número total de passos.
3.- Repetir a
análise, com as mesmas sequências, utilizando um método
heurístico, mudando os parâmetros da busca. Anote e envie os
parâmetros empregados.
4. Responda:
a) Houve
diferenças entre o método exato e o método heurístico na escolha
da topologia e no número de passos, com o método de máxima
parcimônia?
b) Foi necessário
mudar os parâmetros da análise heurística para chegar na árvore
mais parcimoniosa obtida pelo método exato com as sequências
escolhidas no ítem 2?
5.- Repetir a
análise, com as mesmas sequências, utilizando distância (Neighbor
joining) e também com máxima verossimilhança. Compare
os resultados e envie a comparação.
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