Introdução à Bioinformática
Atividade 8
Objetivos:
Obter uma árvore filogenética consensual a partir de um conjunto
de árvores filogenéticas distintas com os mesmos táxons
representados.
Atividade:
Consenso de árvores filogenéticas
O consenso entre
árvores filogenéticas é uma das formas de acomodar as informações
de árvores diferentes em um único diagrama.
Crie, na
representação de Newick* (com uso de parênteses), 5 conjuntos de 7
árvores distintas com 8 terminais, com nomes de sua escolha, com
um editor de texto qualquer.
Baixe e instale o
pacote Phylip** (http://evolution.gs.washington.edu/phylip.html)
para fazer a questão 1.
1. Envie o
conjunto de árvores no formato Newick.
2.- Produza a
árvore de consenso estrito (strict) e de maioria (Majority rule) para cada conjunto.
Envie as árvores consenso. Compare as árvores resultantes e
descreva, em linhas gerais, quais são as particularidades
(tendências) de cada um dos métodos.
3. Encontre,
baixe e instale um programa de visualização de árvores (ex:
figtree) para examinar as árvores produzidas. Envie as figuras
correspondentes.
*Formato Newick
explicado aqui:
http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/newicktree.html
**É também
possível usar a ferramenta “on line”, com o mesmo programa
(Phylip):
http://caps.ncbs.res.in/iws/consense.html
Recomendo,
entretanto, que a use somente em último caso, pois instalar
programas faz parte do aprendizado.
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