Aqui chegamos a uma etapa da mais extrema importância em análises de sistemática molecular, o alinhamento das seqüências. Evidentemente, um alinhamento errado vai comprometer todo o resto das análises. Muita gente acha que uma vez tendo as macromoléculas seqüenciadas, basta colocá-las no computador e deixar que um dos inúmeros programas feitos para alinhamento faça o resto. Atenção: Quase nunca as seqüências são corretamente alinhadas pelo computador. Claro que esses programas podem ser um passo inicial, mas a forma mais correta e segura de alinhamento é MANUALMENTE! Um programa computacional simplesmente procura "juntar igual com igual", sem qualquer "preocupação" com os processos biológicos. Para isso, é importante que após uma primeira alternativa de alinhamento "proposta" pelo computador, olhemos para cada uma das bases e procuremos arranjá-las utilizando os nossos conhecimentos.

Para isso, é preciso conhecer os diferentes tipos de mutações e de substituições.
 

                                                                                         Ile   Lys   Ala   Leu   Val   Leu

    Agora imagine, por exemplo, como um computador "interpretaria" o alinhamento de regiões com deleções e inserções (também chamadas de indels), o que é comum no caso de genes ribossomais e regiões repetitivas do genoma. O alinhamento manual tende a ser um trabalho demorado e muitas vezes cansativo, mas é imprescindível!
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