A ciência da Sistemática já conta com alguns séculos de existência e tem por objetivo DETECTAR, DESCREVER e PROCURAR EXPLICAR a biodiversidade. Portanto, um(a) sistemata, independentemente das ferramentas que empregue, analisa a diversidade biológica procurando levantar hipóteses evolutivas para explicá-la, ao passo que um(a) taxonomista (muita gente faz confusão entre sistemática e taxonomia!), procura CLASSIFICAR os organismos num sistema hierárquico.

     O sistema hierárquico de classificação dos organismos proposto por Linnaeus em 1758 inicialmente era independente de qualquer teoria evolutiva, mas, ainda assim, ofereceu um substrato mais concreto tanto para a descrição quanto para a categorização da diversidade biológica.

     Os primeiros evolucionistas, tais como Lamarck, Darwin e Haeckel, em meados do século XIX, simplesmente tomaram emprestado o sistema proposto por Linnaeus e não mediram esforços na tentativa de propor uma classificação baseada nas relações filogenéticas (aliás, filogenia nada mais é do que um sistema de classificação dos organismos baseado em suas histórias evolutivas). Em 1856, Haeckel propôs a primeira árvore da vida:

     No entanto, os primeiros critérios para a reconstrução filogenética eram escassos e pouco objetivos. Imagine que, pelo menos até a década de 1940, o termo "filogenia" nem sequer constava da literatura científica e a sistemática em si estava mais voltada para problemas relativos a espécie, especiação e variação geográfica.

     A situação começou a mudar graças a esforços individuais do botânico Walter Zimmerman (a partir de 1930) e do zoólogo Willi Hennig (a partir de 1950). Foram eles que definiram os primeiros critérios objetivos para a reconstrução filogenética, os quais baseavam-se principalmente no compartilhamento de características morfológicas entre organismos viventes e organismos fósseis.

     Começando pelas características morfológicas e, posteriormente (nas últimas três décadas), com o acesso à estrutura de macromoléculas (DNA, RNA e proteínas), o número de dados disponíveis para análises filogenéticas cresceu bastante. A grande explosão na área da sistemática molecular, no entanto, deu-se bem recentemente com o advento das técnicas de PCR (polymerase chain reaction), que permitem a amplificação de fragmentos específicos de macromoléculas, das técnicas de clonagem e de seqüenciamento de DNA e RNA. A partir daí, a quantidade de dados disponíveis para a reconstrução filogenética cresceu exponencialmente. Acompanhando a enorme quantidade de dados novos, as metodologias de análise também se desenvolveram vertiginosamente graças a programas computacionais cada vez mais poderosos.

     Independentemente da linha de pensamento ou da escola que se siga, é possível fazer sistemática utilizando quaisquer características dos organismos, sejam elas morfológicas, fisiológicas, moleculares, etc. No entanto, quando vamos ao "cerne" dos organismos, notamos que é no material genético que encontramos as informações mais volumosas. É quando trabalhamos com seqüências de macromoléculas para inferências filogenéticas que estamos trabalhando com sistemática molecular.
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