Quando trabalhamos com populações
de uma dada espécie, estamos de fato abordando as metas gerais da
genética de populações, as quais procuram caracterizar
e explicar a variação genética intra-especificamente.
Essa variação é a matéria bruta para futuras
mudanças evolutivas e os diferentes níveis de variação
em populações atuais distintas podem evidenciar mudanças
evolutivas ocorridas no passado.
A análise de variações alélicas intra-específica, mais do que fornecer a possibilidade de propormos uma genealogia (ou árvore de genes e/ou alelos, ver exemplo abaixo), permite uma série de análises estatísticas englobando fluxo gênico, tamanho populacional, tamanho efetivo da população, divergências populacionais, histórias demográfica e mutacionais, freqüências alélicas, genotípicas e fenotípicas.
Essa área da sistemática
molecular baseia-se principalmente nas estatísticas Gamma
e F, e tem como fundamento a chamada Teoria da Coalescência
(a qual será abordada em uma outra oportunidade).