Organismos transgênicos
Uma vez encontrado um QTL, a natureza exata do loco envolvido pode teoricamente ser determinada. Para isso, é preciso que primeiramente seja empregado uma densidade de marcadores muito alta na região candidata, propiciando um mapeamento mais preciso. A região do genoma pode ser então clonada e sequenciada. Isso consiste em um trabalho formidável, mas não impossível pois essa estratégia já foi empregada com sucesso na localização de genes de doenças genéticas humanas. Uma vez feito isso, variações alélicas naturais ou mesmo artificiais podem ser "implantadas" tanto no organismo onde se detectou o efeito fenotípico ou até mesmo em outros organismos que não podem ser cruzados com aquele onde foi feito o estudo. A aplicação da tecnologia de produção de organismos transgênicos pode ser utilizada nesse sentido. Uma das críticas que se faz com relação à produção massiva de organismos transgênicos é a "poluição genética" resultante com resultados imprevisíveis a longo prazo.
Clones
Clones são, por definição, um conjunto de organismos genteticamente idênticos a um único organismo que os originou. A utilidade do emprego dos clones no estudo de QTLs poderia ser no sentido de verificar o efeito de diferentes condições ambientais em um único genoma, em organismos onde os clones não existam naturalmente. Podem servir ainda na produção maciça de organismos transgênicos quando estes não forem suficientemente estáveis para se manter com cruzamentos convencionais. O mesmo pode ser feito a partir de organismos com desempenho ótimo mas que tenham que ser heterozigotos em muitos locos, que os tornaria instáveis para reprodução por cruzamentos por causa da segregação. O emprego maciço de clones apresenta o perigo de, graças à enorme uniformidade genética, grandes desastres ocorrerem em decorrência de uma condição ambiental inesperada, tal como o desenvolvimento de uma doença virótica desconhecida em organismos sem nenhum tipo de resistência, tal como ocorreu diversas vezes no passado.
Emprego de "biochips"
Biochips ou "chips de DNA" consistem em arranjos bidimensionais de alta densidade de fragmentos de DNA sintetizados ou clonados. Em uma pequena área podem haver milhares de sequências diferentes e essas podem ser amostras de porções variáveis do genoma arranjadas de acordo com sua posição nos cromossomos. Essa tecnologia já se mostrou útil na detecção de recombinantes a partir de linhagens parentais. A aplicação dos biochips em estudos com QTLs apresenta um potencial enorme em um futuro próximo pois possibilita a caracterização genotípica com alta densidade de marcadores naqueles organismos que têm projetos de sequenciamento de genomas ou mapeamento físico com alta densidade em andamento. A perspectiva também é a de que os custos dos programas de QTLs, assim como a mão de obra envolvida caiam drasticamente.
Ítem anterior: Métodos de análise dos QTLs