Introdução à Bioinformática
Atividade 9
Objetivos:
Analisar domínios com o uso de expressão regular. Fazer buscas em
bancos de dados a partir de domínios
Atividade:
1. Faça a expressão regular ("na mão") que consiga identificar as
sequências de resíduos de aminoácidos no alinhamento abaixo:
VHDCLSITVKEHTVTTTT
VHDCVNITVKEHTVTTTT
VHDFLNLSIKQHTVTTTT
VGDCVQWSIKQGTVTTTT
VGECVQAQIKQYTWTTTT
VGECVNIQVKQHTWTTTT
Para questões 2 e 3
utlize o arquivo seqs_exe9.fas .
Envie o conjunto de dados de sequências proteicas de algumas
cinases à ferramenta de analises de motivos MEME (http://meme-suite.org,
dentro de “Motif Discovery”). Utilize a ferramenta com os
parâmetros padrão para esta análise. Obs: esse portal tem estado
sobrecarregado, se a análise demorar mais que uns poucos
minutos, utilize os arquivos de resultados que já foram
processados aqui: MEME_out.html e MEME_out.txt).
2. - Quantas vezes os motivos de
cada tipo ocorrem em cada sequência? Existe um padrão de
aparecimentos nas sequências?
3.- Utilize a expressão regular
do primeiro motivo sugerido pelo MEME (do arquivo .txt) para
fazer a busca com a ferramenta web ScanProSite (http://prosite.expasy.org/scanprosite/)
na opção 2.
A expressão regular foi específica o suficiente para recuperar
somente as sequências que continham o motivo encontrado pelo
MEME?
Discuta os resultados obtidos por esta ferramenta.
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