| Data |
Atividade teórica |
Atividade prática |
| 08/08 |
Bioinformática: Definições e Histórico Texto
aqui. |
Manipulação de arquivos. Aqui. |
| 15/08 |
Arquitetura de computadores. Texto aqui | Bancos de dados bioinformáticos. Aqui |
| 22/08 |
Programas e algoritmos. Texto aqui. | Fluxograma e dot-plot. Aqui |
| 29/08 |
Bancos de dados biológicos. Texto aqui. |
BLAST. Aqui. |
| 05/09 |
Semana
da Pátria, não haverá aula. |
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| 12/09 |
Alinhamentos par a par. Texto aqui. | Simulações de algoritmos. Aqui. |
| 19/09 |
Alinhamentos múltiplos. Texto aqui. | Testes de programas. Aqui. Site aqui. Dados aqui. |
| 26/09 |
Reconstrução de filogenias. Texto aqui. | Filogenética. Aqui. Dados aqui. |
| 03/10 |
Semana
temática da Biologia |
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| 10/10 |
Reconstruções filogenômicas. Texto aqui. | Filogenômica.(árvores consenso) Aqui Formato Newick explicado aqui. |
| 17/10 |
Motivos, domínios, evolução por rearranjo de exons. Texto aqui. | Bancos de arquiteturas proteicas. Aqui. Sequências aqui. |
| 24/10 |
Estrutura de ácidos nucleicos. Texto aqui. | Previsão de enrolamentos. Aqui. Sequência aqui. Figura aqui. |
| 31/10 |
Estruturas de proteínas. O texto é o capítulo 7 (pg 148 livro/158 pdf) do livro: Verli, H. Bioinformática. Da biologia molecular à flexibilidade molecular. UFRGS, 2014, disponível aqui. Com destaques no cap. 7 aqui. Revisão aqui. |
Previsão e análise de estruturas. Aqui. Arquivo rnase.cn3. |
| 07/11 |
Funcionamento de proteínas. Capítulos 8 e 9 do livro acima. Filmes Atracação molecular; Dinâmica molecular; | Atracação molecular. Aqui. Cópia local do Chimera. Estreptavidina, Biotina,, Complexo das duas moléculas. Resultados do processamento com o SwissDock (http://www.swissdock.ch/) Aqui. |
| 14/11 | Biologia de sistemas: Redes de expressão e interações. Capítulo 6 do livro acima. | Buscas em grafo. Aqui. |
