IBI5080 - Bioinformática na evolução e nas filogenias moleculares 2019

URL da disciplina: http://dreyfus.ib.usp.br/bio5706/index.html
Este cronograma: http://dreyfus.ib.usp.br/bio5706/cron2019.html
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Obs: Links "mortos" serão atualizados oportunamente.

Docente responsável:
Prof. Dr. Sergio Russo Matioli website
Departamento de Biologia, IB USP
Sala 237 Edifício André Dreyfus
Email.: srmatiol@ib.usp.br
Fone: 3091-7552/3091-7567

Horários:
Segundas-feiras, das 14h às 17h Sala 6 do CD-IB (Centro didático do IB - 6CDIB). Quartas-feiras, das 14h às 17h, sala 6 do CEC-IME (Centro de Educação em Computação do IME - 6CECIME) ou sala 2 do CEC-IME (Centro de Educação em Computação do IME - 2CECIME)

Objetivos:
Introduzir e discutir criticamente os fundamentos teóricos dos processos que ocorrem na evolução de sequências macromoleculares e treinamento básico em programas computacionais que analisam sequências, especialmente aqueles que abordam aspectos evolutivos.

Avaliação:
A avaliação será feita ao longo da disciplina com questionários e projetos entregues. O resultado da avaliação será calculado pela média das duas notas (questionários e projeto, cada uma com valor entre 0 e 10). O conceito será atribuído de acordo com a seguinte tabela:
O roteiro para a execução do projeto está aqui.
Resultados.

Nota	Conceito
0,0 - 4,9	R
5,0 - 6,7	C
6,8 - 8,3	B
8,4 - 10,0	A

Método didático:
As aulas das segundas-feiras serão dedicadas à discussão dos textos abaixo relacionados. O aluno deverá responder um questionário a respeito do texto, que será utilizado para a discussão durante a aula. O questionário respondido deverá ser entregue em papel (a lápis, caneta ou impresso). As aulas de quartas-feiras serão dedicadas aos projetos computacionais realizados com programas livres disponíveis na rede.

Cronograma
s. 12/08 [6CDIB]. Apresentação da disciplina e apresentação individual dos interesses dos alunos quanto à disciplina e de seus projetos de dissertação ou tese.
q. 14/08 [2CECIME]. Bancos de sequências. Texto:
Apweiler, R. Sequence databases. Cap. 1 In: Baxevanis, A. D. e Oullette, B. F. F. (2005). Bioinformatics, a practical guide to the analysis of genes and proteins. John Wiley & Sons, Hoboken. pp 4-24. Leitura complementar aqui. Questionário 1. Projeto 1.
s. 19/08 [6CDIB].Relações entre evolução molecular e Genética de populações. Texto:
Higgs, P. G. e Atwood, T. K. (2005). Molecular evolution and population genetics. Cap 3. Bioinformatics and molecular evolution. Blackwell Publishing, Malden. 37-57. Leitura complementar aqui. Questionário 2.
q. 21/08 [6CECIME].Simulações de Genética de populações. Projeto 2. Dica de vídeo Allan Wilson: Evolutionary (documentário; 40 min.).
s. 26/08 [6CDIB]. Alinhamento entre duas sequências macromoleculares. Texto:
Baxevanis, A. D. Assessing pairwise sequence similarity: BLAST and FASTA. Cap. 11 In: Baxevanis, A. D. e Oullette, B. F. F. (2005). Bioinformatics, a practical guide to the analysis of genes and proteins. John Wiley & Sons, Hoboken. 295-324 Questionário 3.
q. 28/08 [6CECIME].Buscas em bancos de dados. Projeto 3.
s. 02/09 e q. 04/09 Semana da pátria, não haverá aula.
s. 09/09 [6CDIB]. Alinhamentos múltiplos de sequências proteicas. Texto:
Barton, G. J. Creation and analysis of protein multiple sequence alignements. In: Baxevanis, A. D. e Oullette, B. F. F. (2005). Bioinformatics, a practical guide to the analysis of genes and proteins. John Wiley & Sons, Hoboken. 325-340. Questionário 4.
q. 11/09 [6CECIME].Alinhamentos múltiplos. Projeto 4.
s. 16/09 [6CDIB]. Estrutura de proteínas e estabelecimentos de homologias. Texto:
Higgs, P. G. e Atwood, T. K. (2005). Patterns in protein families. Cap. 9. Bioinformatics and molecular evolution. Blackwell Publishing, Malden. 195-219. Questionário 5.
q. 18/09 [2CECIME].Visualização de estruturas protéicas e alinhamentos estruturais. Projeto 5.
s. 23/09 [6CDIB]. Filogenias moleculares. Histórico e métodos baseados em máxima parcimônia. Textos:
Felsenstein, J. (2004). A digression in History and Philosophy. Cap. 10. Inferring Phylogenies. Sinauer Associates, Inc. Sunderland. 123-146
Miyaki, C. Y., Russo, C. A. M. e Pereira, S. L. Reconstrução filogenética. Introdução e o método de máxima parcimônia. In: Matioli, S. R. e Fernandes, F.M.C. (2012). Biologia molecular e evolução. 2a edição. Holos, editora, Ribeirão Preto. 113-122. Questionário 6.
q. 25/09 [6CECIME].Filogenias com parcimônia. Projeto 6.
s.01/10 e q. 03/10 Semana temática da Biologia. Escolha do artigo para o projeto.
s. 07/10 [6CDIB]. Filogenias moleculares. Métodos baseados em distâncias. Texto:
Russo, C. A. M., Miyaki, C. Y. e Pereira, S. L. Reconstrução filogenética. Métodos geométricos. In: Matioli, S. R. e Fernandes, F.M.C. (2012). Biologia molecular e evolução. 2a edição. Holos, editora, Ribeirão Preto. 123-131. Questionário 7.
q. 09/10 [6CECIME].Filogenias com distâncias. Projeto 7.
s. 14/10 [6CDIB]. Filogenias moleculares. Métodos baseados em máxima verossimilhança. Texto:
Pereira, S. L., Russo, C. A. M. e Miyaki, C. Y. e Reconstrução filogenética. Métodos probabilísticos. In: Matioli, S. R. e Fernandes, F.M.C. (2012). Biologia molecular e evolução. 2a edição. Holos, editora, Ribeirão Preto. 133-145. Questionário 8.
q. 16/10 [6CECIME].Filogenias com máxima verossimilhança. Projeto 8.
s.21/10 [Sala 5 do Centro didático]. Filogenias moleculares. Estimativa Bayesiana e métodos de suporte de árvores. Textos:
Pereira, S. L. Reconstrução filogenética. Inferência bayesiana. In: Matioli, S. R. e Fernandes, F.M.C. (2012). Biologia molecular e evolução. 2a edição. Holos, editora, Ribeirão Preto. 147-156.
Felsenstein, J. (2004). Bootstrap, jacknife, and permutation tests. Cap. 20. Inferring Phylogenies. Sinauer Associates, Inc. Sunderland. 335-363.
Questionário 9.
q. 23/10 [6CECIME].Discussão do andamento dos projetos.
s. 28/10 Dia do funcionário público. Não haverá aula.
q. 30/10 [6CECIME].Filogenias com inferências bayesianas e aplicação de bootstrap. Projeto 9.
s.04/11 [6CDIB]. Filogenômica. Texto:
Patané, J.S.L., Martins Jr, J. e Setubal, J.C. (2018) Phylogenomics. In: Setubal, J.C., Stoye, J. e Stadler, P.F. Comparative genomics, methods and protocols. Springer Protocols, 103-187. Questionário 10.
q.06/11 [6CECIME] Filogenômica. Projeto 10.
q.13/11. [Cantinho do Martinho*(Casa do Norte), 17h00]. Entrega dos projetos.>>>>Mudou!<<<<

Bibliografia
Baxevanis, A. D. e Oullette, B. F. F. (2005). Bioinformatics, a practical guide to the analysis of genes and proteins. John Wiley & Sons, Hoboken.
Felsenstein, J. (2004). Inferring Phylogenies. Sinauer Associates, Inc. Sunderland.
Higgs, P. G. e Atwood, T. K. (2005). Bioinformatics and molecular evolution. Blackwell Publishing, Malden.
Matioli, S.R. e Fernandes, F.M.C. (2012). Biologia molecular e evolução. Holos, editora, Ribeirão Preto.

*Av. Corifeu de Azevedo Marques, 1338 - Vila Indiana.