BIO-5706 - Bioinformática na evolução e nas filogenias moleculares 2015

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Este cronograma: http://dreyfus.ib.usp.br/bio5706/cron2015.html
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Obs: Links "mortos" serão atualizados oportunamente.

Docente responsável:
Prof. Dr. Sergio Russo Matioli
Departamento de Biologia, IB USP
Sala 227 Edifício André Dreyfus
Email.: srmatiol@ib.usp.br
Fone: 3091-7552/3091-7567
Fax: 3091-7553

Horários:
Segundas-feiras, das 14h às 17h, verificar a sala no cronograma abaixo, as salas são diferentes conforme a data (obs: CD = Centro didático do IB). Quartas-feiras, das 14h às 17h, laboratório multimídia do CD.

Objetivos:
Introduzir e discutir criticamente os fundamentos teóricos dos processos que ocorrem na evolução de sequências macromoleculares e treinamento básico em programas computacionais que analisam sequências, especialmente aqueles que abordam aspectos evolutivos.

Avaliação:
A avaliação será feita com avaliação dos questionários entregues, de um projeto que deverá ser executado ao longo do semestre e de uma prova final. O projeto consistirá na reanálise de dados constantes de um artigo científico escolhido pelo aluno a partir de uma lista (individualmente, dois alunos NÃO poderão usar o mesmo artigo). A reanálise servirá de base para a realização de uma crítica circunstanciada das conclusões da pesquisa relatada no artigo. O resultado da avaliação será calculado pela média das três notas (entre 0 e 10) e o conceito será atribuído de acordo com a seguinte tabela:

Nota	Conceito
0,0 - 4,9	R
5,0 - 6,7	C
6,8 - 8,3	B
8,4 - 10,0	A

Método didático:
As aulas das segundas-feiras serão dedicadas à discussão dos textos abaixo relacionados. O aluno deverá responder um questionário a respeito do texto, que será utilizado para a discussão durante a aula. O questionário respondido deverá ser entregue em papel (a lápis, caneta ou impresso). As aulas de quartas-feiras serão dedicadas aos projetos computacionais realizados com programas livres disponíveis na rede.

Cronograma
s. 10/08 [anfiteatro Minas I].Apresentação da disciplina e apresentação individual dos interesses dos alunos quanto à disciplina e de seus projetos de dissertação ou tese.
q. 12/08 Bancos de sequências. Texto:
Apweiler, R. Sequence databases. Cap. 1 In: Baxevanis, A. D. e Oullette, B. F. F. (2005). Bioinformatics, a practical guide to the analysis of genes and proteins. John Wiley & Sons, Hoboken. pp 4-24. Leitura complementar aqui. Questionário 1. Projeto 1.
s. 17/08 [anfiteatro Minas I].Relações entre evolução molecular e Genética de populações. Texto:
Higgs, P. G. e Atwood, T. K. (2005). Molecular evolution and population genetics. Cap 3. Bioinformatics and molecular evolution. Blackwell Publishing, Malden. 37-57. Leitura complementar aqui. Questionário 2.
q. 19/08 Simulações de Genética de populações. Projeto 2.
s. 24/08 [Sala Microscopia I do CD]. Alinhamento entre duas sequências macromoleculares. Texto:
Baxevanis, A. D. Assessing pairwise sequence similarity: BLAST and FASTA. Cap. 11 In: Baxevanis, A. D. e Oullette, B. F. F. (2005). Bioinformatics, a practical guide to the analysis of genes and proteins. John Wiley & Sons, Hoboken. 295-324 Questionário 3
q. 26/08 Buscas em bancos de dados. Projeto 3.
s. 31/08 [Sala Anatomia do CD]. Alinhamentos múltiplos de sequências proteicas. Texto:
Barton, G. J. Creation and analysis of protein multiple sequence alignements. In: Baxevanis, A. D. e Oullette, B. F. F. (2005). Bioinformatics, a practical guide to the analysis of genes and proteins. John Wiley & Sons, Hoboken. 325-340. Questionário 4
q. 02/09 Alinhamentos múltiplos. Projeto 4.
s. 07/09 e q. 11/09 Semana da pátria, não haverá aula.
s. 14/09 [anfiteatro Minas I]. Estrutura de proteínas e estabelecimentos de homologias. Texto:
Higgs, P. G. e Atwood, T. K. (2005). Patterns in protein families. Cap. 9. Bioinformatics and molecular evolution. Blackwell Publishing, Malden. 195-219. Questionário 5.
q. 16/09 Visualização de estruturas protéicas e alinhamentos estruturais. Projeto 5.
s. 21/09 [anfiteatro Minas I]. Filogenias moleculares. Histórico e métodos baseados em máxima parcimônia. Textos:
Felsenstein, J. (2004). A digression in History and Philosophy. Cap. 10. Inferring Phylogenies. Sinauer Associates, Inc. Sunderland. 123-146
Miyaki, C. Y., Russo, C. A. M. e Pereira, S. L. Reconstrução filogenética. Introdução e o método de máxima parcimônia. In: Matioli, S. R. e Fernandes, F.M.C. (2012). Biologia molecular e evolução. 2a edição. Holos, editora, Ribeirão Preto. 113-122. Questionário 6
. q. 23/09 Filogenias com parcimônia. Projeto 6.
s. 28/09 [anfiteatro Minas I]. Filogenias moleculares. Métodos baseados em distâncias. Texto:
Russo, C. A. M., Miyaki, C. Y. e Pereira, S. L. Reconstrução filogenética. Métodos geométricos. In: Matioli, S. R. e Fernandes, F.M.C. (2012). Biologia molecular e evolução. 2a edição. Holos, editora, Ribeirão Preto. 123-131. Questionário 7
q. 30/09 Filogenias com distâncias. Projeto 7.
Prazo máximo para escolha do artigo para o projeto.
s. 05/10 [anfiteatro Minas I]. Filogenias moleculares. Métodos baseados em máxima verossimilhança. Texto:
Pereira, S. L., Russo, C. A. M. e Miyaki, C. Y. e Reconstrução filogenética. Métodos probabilísticos. In: Matioli, S. R. e Fernandes, F.M.C. (2012). Biologia molecular e evolução. 2a edição. Holos, editora, Ribeirão Preto. 133-145. Questionário 8
q. 07/10 Filogenias com máxima verossimilhança. Projeto 8
s. e q. 12 e 14/10. Semana da criança e Dia da resistência indígena (12/10). Preparação do projeto, não haverá aula.
s.19/10 [anfiteatro Minas I]. Filogenias moleculares. Estimativa Bayesiana e métodos de suporte de árvores. Textos:
Pereira, S. L. Reconstrução filogenética. Inferência bayesiana. In: Matioli, S. R. e Fernandes, F.M.C. (2012). Biologia molecular e evolução. 2a edição. Holos, editora, Ribeirão Preto. 147-156.
Felsenstein, J. (2004). Bootstrap, jacknife, and permutation tests. Cap. 20. Inferring Phylogenies. Sinauer Associates, Inc. Sunderland. 335-363. Questionário 9.
q. 21/10 Filogenias com inferências bayesianas e aplicação de bootstrap. Projeto 9
s. e q. 26 e 28/10. Feriado do dia do funcionário público. Preparação do projeto, não haverá aula.
s. e q. 02 e 04/11. Feriado de finados. Preparação do projeto, não haverá aula.
s. 09/11 [Laboratório Multimídia do CD]. Polimorfismos de DNA. Texto:
Mullikin, J. C. e Sherry, S. T. Sequence polymorphisms. Cap. 7 In: Baxevanis, A. D. e Oullette, B. F. F. (2005). Bioinformatics, a practical guide to the analysis of genes and proteins. John Wiley & Sons, Hoboken. 171-193. Questionário 10.
q.11/11. Análises de polimorfismos. Projeto 10
s.16/11. [Sala Anatomia do CD]. Discussão: Filogenômica, ou como os dados de muitos genes diferentes podem ser analisados em conjunto..
q.18/11. Entrega do projeto.

Bibliografia
Baxevanis, A. D. e Oullette, B. F. F. (2005). Bioinformatics, a practical guide to the analysis of genes and proteins. John Wiley & Sons, Hoboken.
Felsenstein, J. (2004). Inferring Phylogenies. Sinauer Associates, Inc. Sunderland.
Higgs, P. G. e Atwood, T. K. (2005). Bioinformatics and molecular evolution. Blackwell Publishing, Malden.
Matioli, S.R. e Fernandes, F.M.C. (2012). Biologia molecular e evolução. Holos, editora, Ribeirão Preto.

Roteiro para a confecção do projeto aqui.
Lista de artigos para o projeto aqui.
Notas da disciplina até o momento aqui.